SECUNDARIA
En esta etapa el desarrollo de competencias de las alumnas va más allá de lo académico. En ella ayudamos a la alumna a conocerse y comprender el gran potencial que tiene.

Nuestras estudiantes cuentan con espacios o ambientes que favorecen su aprendizaje. Esta propuesta permite a las estudiantes la libre exploración y un trabajo guiado por parte del docente, dando cabida a la iniciativa, la curiosidad y el trabajo activo.
INVESTIGACIÓN CIENTÍFICA
En esta etapa se busca que las estudiantes desarrollen actividades de investigación científica desde el aula para hacer ciencia y que potencíen la comprensión de la ciencia, la cual resulta crucial para la preparación de la vida de los jóvenes en la sociedad contemporánea.

Las alumnas deben experimentar la ciencia, partiendo de la curiosidad natural y humana, en un arma que los convoque a la elaboración activa de ideas y explicaciones y realce sus oportunidades de desarrollar las capacidades, actitudes y conceptos de hacer ciencia.
El bilingüismo en nivel secundaria, significa más que aprender reglas gramaticales, el tipo de aprendizaje del inglés en nuestro colegio, se da presentando contenidos académicos en inglés en distintas asignaturas. Nuestras alumnas son capaces de utilizar el idioma en áreas como ciencias, literatura, oratoria y declamación; el desarrollo del lenguaje con un enfoque comunicativo y social es la verdadera meta por desarrollar, de forma que las alumnas puedan usarlo correctamente para comunicar sus ideas y ser transformadoras activas en beneficio propio y de su comunidad. La alumna demuestra sus conocimientos y el uso del idioma inglés que han desarrollado a lo largo de los años en varias pruebas académicas de Cambridge como el PET y el FCE (este exclusivamente para las alumnas de 3° de secundaria).
Contamos con el programa LECTORES EN RED que busca desarrollar las competencias, habilidades y destrezas lingüísticas y lectoras señaladas en pruebas internacionales como PISA. Está basado en la variedad de géneros literarios. Tiene elementos formativos los cuales nos permiten trabajar a la instrucción diferenciada que es un elemento fundamental de nuestra pedagogía.
PROYECTO ACADÉMICO TECNOLÓGICO
En respuesta a la parte tecnológica el Alpes San Javier imparte robótica en donde los robots son un medio didáctico para el desarrollo de habilidades y la adquisición de conocimeintos de matemáticas, física y lenguaje de programación.

En Secundaria el Proyecto Académico Tecnológico es una herramienta que ayuda a las alumnas a desarrollar las competencias necesarias para competir en el siglo XXI.

Con el aprendizaje basado en retos, potencializan habilidades de liderazgo, trabajo colaborativo, pensamiento crítico, autogestión del aprendizaje y la capacidad de creatividad e innovación.

Las alumnas trabajan en la simulación de escenarios con problemas reales para generar propuestas y soluciones innovadoras de alto impacto en su entorno familiar, la comunidad educativa y la sociedad en general.
En el deporte se presenta como una oportunidad de formar la voluntad y el carácter, de saberse que pertenece a un equipo, de forjar amistades verdaderas y de luchar por la victoria.
TRANSMISIÓN DE VIRTUDES
En esta etapa, las adolescentes también desarrollan competencias humanas que además de permitirles lograr ser capaces académicamente después de graduarse, lo sean en la vivencia y trasmisión de las virtudes.

La amistad con Jesús se hace más fuerte pues se preparan para recibir los primeros Sacramentos, y así las guiamos para conocer más a ese Amigo que los quiere y los busca constantemente.

También en este ciclo inician el Programa de Participación Social, a través del cual aprenden cómo ayudar a los demás y lo llevan a la práctica. Las familias tienen la oportunidad de participar en misiones de evangelización y las diversas oportunidades de ayuda a los demás, se les invita a salir de sí mismos para darse a otros y de esta manera las hijas aprenden del ejemplo de sus papás.
Además, durante su etapa secundaria tendrán la oportunidad de complementar la formación con una experiencia inolvidable en el extranjero. Los alumnos podrán estudiar y vivir en otro país, con las mismas ventajas de formación integral que tienen en su colegio.